Apie pirmąją katalikų bažnyčią Birštone žinome tiek, kad 1609 m. ji buvo begriūvanti. Antrąją – medinę pastatė pakanclerio žmona Ona Pacienė, remdamasi 1643 m. karaliaus Vladislovo IV raštu, kuriame jis bažnyčiai dovanojo 7 kaimus su žemėmis. Manoma, kad 1655 m. bažnyčia sudegė karo su Maskva metu. 1674 m. vėl įpareigojama bažnyčią atstatyti. Nuo 1782 m. bažnyčios vietoje stovėjo kryžius. 1787 m. Prienų seniūno K. Sapiegos rūpesčiu pastatyta nauja medinė bažnyčia. 1791 m. Vilniaus vyskupas Ignotas Jokūbas Masalskis bažnyčią pašventino ir jai buvo suteiktas apaštalo šv. Judo Tado titulas. 1795 m. atkurta Birštono parapija, o prie jos įkurta parapinė mokykla. 1900 m. parapijos klebono Alberto Rubšos OC iniciatyva buvo patvirtintas naujos mūrinės bažnyčios projektas, architektas Vaclovas Michnevičius. 1902 m. senoji medinė bažnyčia nugriauta ir pastatyta laikina koplyčia su varpine. Vadovaujant klebonui Jonui Karveliui, prižiūrint architektui Edmundui Emanueliui Frikui 1909 m. buvo pastatyta mūrinė neogotikinė bažnyčia su 34 m bokštu ir tais pačiais metais per šv. apaštalų Judo Tado ir Simono atlaidus, spalio 28 d., buvo pašventinta nauju Šv. Antano Paduviečio titulu.
Statant naują bažnyčią vietos vyskupas, pasikonsultavęs su suinteresuotais asmenimis, šventindamas kertinį akmenį paskelbia jos titulą. Titulą privalo turėti visos konsekruotos bažnyčios ir koplyčios. Kasmet yra švenčiama bažnyčios titulo šventė kaip iškilmė, tai yra švenčiami tituliniai atlaidai. Birštono bažnyčios titulas yra šventojo Antano Paduviečio. Šventasis Antanas Paduvietis (1190-1231) gimė Lisabonoje (Portugalijoje) labai kilmingoje ir turtingoje šeimoje. 1219 m. įšvęstas kunigu. 1220 m. tapo vienuoliu pranciškonu ir išvyko misijoms į Maroką. Susirgęs grįžo į Italiją, kur važinėjo pamokslaudamas po šiaurinę jos dalį. 1226 m. apsistojo Paduvoje. Šventasis garsėjo įdomiais pamokslais. Jo pamoksluose ryški linija – atlaidumas kaliniams, eretikams, rūpestis ligoniais. Mene šv. Antanas vaizduojamas su kūdikėliu Jėzumi ant rankų. Šv. Antanas yra Birštono parapijos tikinčiųjų globėjas ir tituliniai atlaidai parapijoje švenčiami birželio 13 d. artimiausią sekmadienį.
Birštono miesto senosiose kapinėse amžinojo poilsio yra atgulę trys Birštono parapijos klebonai. XIX a. antroje pusėje tarnavęs pranciškonas kunigas Povilas Sakalauskas OFM (1807–1889), karmelitas kunigas Albertas Rubša (OC), klebonavęs nuo 1898 m. iki mirties 1903 m. Jis rūpinosi medinės Birštono bažnyčios perstatymo projektu, leidimų gavimu. Kunigas Kazimieras Meškėnas klebono pareigose buvo Birštono parapijoje iki mirties (1938-1951). Bažnyčios šventoriuje amžino poilsios atgulė rezidentas kun. Alfonsas Babonas (1927–2019), sugrįžęs iš JAV.